تیمی از دانشمندان که برای بالا کشیدن یک زیردریایی هسته‌ای غرق‌شده روسی روی یک سکوی اقیانوسی در سواحل میامی فلوریدا کار می‌کنند، یک اثر باستانی متعلق به آتلانتیس را از کف دریا کشف می‌کنند و از یک متخصص می‌خواهند تا از آن سر درآورد. اما در حین تلاش برای بالا کشیدن زیردریایی، نشت رادیواکتیو از موشک‌های آن باعث ظهور مجدد آتلانتیس می‌شود و موج جزر و مدی حاصل از آن، سکو را نابود کرده و تنها گروه کوچکی از بازماندگان را باقی می‌گذارد. آن‌ها توسط دو کهنه‌سرباز ویتنام که پس از آخرین ماموریت خود در حال استراحت هستند نجات می‌یابند، اما قایقشان در نهایت در نزدیکی جزیره‌ای در دریای کارائیب به گل می‌نشیند. پس از رفتن به ساحل، متوجه می‌شوند که همه‌چیز نابود شده و همه کشته شده‌اند. عاملان این جنایت، گروهی بی‌رحم از مهاجمان مجهز به سلاح‌های پیشرفته و رهبرشان، کریستال اسکال، از نوادگان نسل اصلی آتلانتیس هستند که قصد دارند جهان را بازپس بگیرند و بازماندگان را به لیست قربانیان خود اضافه کنند؛ در حالی که بازماندگان برای زنده ماندن، شکست دادن مهاجمان و فرستادن دوباره آتلانتیس به کف اقیانوس تلاش می‌کنند.